De Medezeggenschapsraad bestaat uit ouders en leerkrachten van Magenta. De belangrijkste taak van de MR is het behartigen van de belangen van de ouders, de leerlingen en het personeel. Dit kan onder andere betrekking hebben op de identiteit, de besteding van de financiële middelen, het schoolplan, de veiligheid op en rond het IKC, het personeelsbeleid en de inzet van de formatie. Samen met de directie zetten ze zich in voor kwalitatief goed onderwijs, binnen een plezierige en transparante organisatie voor ouders, leerlingen en het personeel. Dit doen ze door met een positief kritische houding voorstellen van de directie en het bestuur te bespreken en indien nodig ook zelf met initiatieven te komen.
Met betrekking tot een aantal onderwerpen heeft de MR het zogenaamde adviesrecht. Dat wil zeggen dat zij het schoolbestuur, al dan niet via de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad, gevraagd en ongevraagd advies kan geven. Het bestuur mag dit advies niet zomaar naast zich neerleggen. Voor een aantal andere zaken heeft de MR instemmingsrecht. Dit betekent dat het bestuur voor deze zaken naar de MR moet komen om instemming te verkrijgen. Wanneer de instemming niet verkregen wordt dan zal het schoolbestuur haar voorstel moeten wijzigen of de MR met argumenten tot een andere mening proberen te brengen. Daarnaast kan de MR ook nog gebruik maken van het initiatiefrecht. Dat wil zeggen dat de MR zelf met voorstellen kan komen over onderwerpen die de school aangaan. Voor welke onderwerpen wat geldt, is vastgelegd in de Wet Medezeggenschap Onderwijs.